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刊名 科技新时代
作者 刘馨婷 单位 天津医科大学生物医学工程与技术学院生物信息学专业 河北 邯郸 056002 年,卷(期) 2020年,第7期
主办单位 北京卓众出版有限公司 国内刊号 CN11-3750/N 国际刊号 ISSN1006-981X
入库时间 2020-08-13
乳腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析
作者:刘馨婷 时间:2020-08-13 阅读:385
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摘要:目的:利用生物信息学方法及网页统计工具筛选与乳腺癌的发病相关的枢纽基因(hub基因),并且联合蛋白数据库等多数据库比对,进一步分析生物学功能及与预后的相关性。方法:从GEO数据库中下载得到2个表达谱芯片数据集,利用在线工具GEO2R比对数据集中正常组织与乳腺癌组织的差异表达基因(DEG),使用DAVID在线数据库对差异基因进行功能富集分析和通路注释,后使用网页工具STRING和Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络并用其筛选出hub基因,最后结合Kaplan-Meierplotter数据库对筛选出的hub基因进行进一步分析和验证。结果:共选取出127个DEG,其中有36个表达上调,91个表达下调。后使用Cytoscape软件中插件cytoHubba再次筛选得出AURKA、CDK1、PCNA、TOP2A、